■ Территория монастыря делится на наземную и пещерную части: наземная располагается на террасе, разделяющей обрыв и склон Монастырской скалы, а пещерная – в толще обрыва. В северной половине «фасада» скалы, терраса весьма широка за счет глубокого вреза в каменный массив. В этой широкой части террасы расположены почти все наземные сооружения. В южном торце вреза находится вход в комплекс пещерных сооружений. Пещерные сооружения расположены вдоль обрыва над узкой частью террасы и имеют оконные проемы и балконы. Один наземный храм расположен в узкой части террасы, у подножия обрыва (ниже окон пещерных сооружений), и имеет врубленный в скалу алтарь (св. вмч. Пантелеимона; церковь воссоздана на рубеже ХХ-ХХІ вв. на месте аналогичного сооружения 1895 г.; первичный храм был воздвигнут в память чудесного спасения семьи российского императора Александра III во время железнодорожной катастрофы на станции «Борки» под Харьковом 17 октября 1888 г.).

■ Пещерные сооружения представляют собой комплекс 3-х церквей (или храма с 3-мя разноименными приделами: св. ап. Андрея Первозванного, свт. Климента Римского, свт. Мартина Римского) и примыкающих келий, усыпальниц, древней трапезной, а также лестничных туннелей-переходов. Переходы соединяют пещеры с террасой монастыря и плато над обрывом.

■ Основной комплекс наземных сооружений представляет собой цепочку из рядом стоящих зданий в широкой части террасы, параллельно обрыву скалы: храм Св. Троицы с примыкающим Настоятельским корпусом (1860-е гг.), малый келейный дом (построен в 1990-х гг. на месте келий 1860-х гг.), большая гостиница (1896, в настоящее время надстроен 3-й этаж), хозяйственные постройки.

■ Часть плато над обрывом – территория крепости Каламиты, где доныне сохранились некоторые из башен времен княжества Феодоро. В 1902-1905 гг. внутри крепости были сооружены собор свт. Николая Мирликийского и два корпуса келий; после землетрясения 1927 г. эти монастырские постройки разобраны.